Herregud vilken bred fråga :)
Vad har du tänkt göra?
För modellering så är väl blender ett bra alternativ eller Cinema4D om du tänker compa i After Effects.
After Effects är bra för motion graphics och lättare effekter.
För Set extensions, mattepaintings passar det bättre med en mjukvara med större 3D stöd som Fusion eller Nuke.
3D elements som bilar, objekt whatever funkar väl C4D och AE som någon kompromiss (ingen egen erfarenhet av det).
Bör ju tilläggas att bemästra de här programmen är inte något man gör lätt, det tar tid att lära sig. Men man ser ju många amatörer göra vackra saker i After Effects och C4d/blender så det kommer du nog långt med.
I branchen är det ju i majoritet Nuke och Maya som används mest men sen finns det ju massa program för andra 3D uppgifter som mari, zbrush (texturing, skulptering) och synteyes, pftrack för matchmoving.
Om du specificerar lite vad du tänkt dig så blir det lättare att guida dig i rätt riktning.