Jag skulle föreslå att du arbetar med bildbiten av ditt projekt i After Effects och hanterar ljudet i ett separat program, så som Sony Vegas, Adobe Premiere etc. Likaså, om du nu får två filer, lägg in de båda i någon form av Redigerings program, kanske någon av de två ovan eller till och med Movie Maker och du kan få det till en fil igen.
Slutligen, jag föreslår att du använder en annan codec för utrendering, nu vet jag inte vad du hade för orginal format på din video men, jag använder oftast Quicktime .mov lossless för bästa resultat (Tweakar inställningarna efter behov). Många bekymmer kan du undslippa igenom att konvertera orginalfilen till ett bättre/annat format innan du hoppar in i After Effects.
Mer hjälp finns på följande länk: http://forums.creativecow.net/thread/2/942550
Finns fler trådar på CreativeCow, hoppas du hittar rätt.