AVI är ju en behållare, och kan innehålla nästan vad som helst. Exempelvis helt förlustfri video med alphakanal.
WMA är ljudfiler, men jag antar att du menade WMV. WMV idag kan innebära exempelvis ISO MPEG-4 eller (mer troligt) Windows Media Video 9. WMV börjar bli något att räkna med, tack vare hårdvarustöd.
Det finns ingen inbyggd skillnad i bildkvalitet i de två, men de olika komprimeringsmetoderna ger så klart olika resultat.
Inget bra svar, men frågan var lite för generell.